Das historische Gebäude wurde zwischen 1871 und 1877 nach dem Vorbild der Alten Pinakothek in München errichtet, mit zentralem Mitteltrakt im Erdgeschoss und Obergeschoss sowie seitlich angeordneten Lichtkabinetten. Im zweiten Weltkrieg zerstörte eine Bombe den östlichen Eckpavillon mit dem großzügigen und prächtig ausgestatteten Treppenhaus. Das Innere des Gebäudes brannte zum großen Teil aus. Der Wiederaufbau der Ruine erfolgte erst ab 1965 bis 1976.
Bei der aktuellen Generalsanierung galt es vor allem, den technischen und gestalterischen Anforderungen an ein modernes Museum gerecht zu werden und zugleich den ursprünglichen Charakter des historischen Gebäudes wieder klarer hervorzuheben. Die Umgestaltung erfolgte nach den Plänen des Berliner Architekturbüros Volker Staab.
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